Cuộc nội chiến tiếp tục ở Afghanistan sau khi Liên Xô rút quân. Sự rút lui của người Liên Xô để lại nỗi sợ hãi sâu sắc bên trong giới chức tại Kabul. Quân kháng chiến Afghanistan chủ động tấn công các thị trấn, thành phố và cuối cùng là cả Kabul, khi cần thiết.

Chế độ Najibullah, dù không thể chiếm được sự ủng hộ của nhân dân, lãnh thổ, hay sự công nhận quốc tế vẫn giữ được quyền lực cho tới năm 1992. Kabul trở thành nơi trưng bày sự yếu kém chính trị, quân sự của Mujahedin. Trong gần bảy năm, chính phủ Najibullah đã thành công trong việc tự bảo vệ trước những cuộc tấn của Mujahedin, những phe phái bên trong chính phủ cũng đã tự tìm lấy những mối liên lạc riêng với các đối thủ của mình. Theo nhà nghiên cứu người Nga Andrey Karaulov, lý do chính dẫn tới sự mất quyền lực của Najibullah là sự từ chối bán các sản phẩm nhiên liệu cho Afghanistan năm 1992 của Nga vì các lý do chính trị (chính phủ mới của Nga không muốn ủng hộ những người cộng sản cũ) và hành động này đã thật sự dẫn tới một cuộc phong toả.

Sự đào ngũ của tướng Abdul Rashid Dostam và đội du kích người Uzbekistan của ông ta vào tháng 3 năm 1992, làm tổn hại nghiêm trọng tới quyền kiểm soát quốc gia của Najibullah. Vào tháng 4, Kabul cuối cùng cũng rơi vào tay Mujahedin vì các phe phái trong chính phủ đã thực sự xé tan nó.

Ngày 18 tháng 3, Najibullah ngay lập tức mất quyền kiểm soát nội bộ sau khi ông thông báo ý định từ chức nhằm mở đường cho một chính phủ trung lập chuyển tiếp. Trớ trêu thay, cho tới khi bị tình trạng bè phái trong hàng ngũ tướng lĩnh cao cấp làm mất tinh thần chiến đấu, Quân đội Afghnistan đã đạt được mức độ thành công mà ngay cả với sự hiện diện của Quân đội Liên Xô họ cũng chưa từng đạt được.

Sản xuất lương thực giảm trung bình 3.5% một năm trong giai đoạn 1978 - 1990 vì tình trạng chiến tranh, bất ổn tại các vùng nông thôn, hạn hán kéo dài, và cơ sở hạ tầng bị tàn phá. Những nỗ lực của Liên Xô nhằm tàn phá năng lực sản xuất tại các vùng thuộc quyền kiểm soát của phe phiến loạn cũng góp phần vào việc này. Hơn nữa, những cố gắng của Liên Xô nhằm tập trung hóa nền kinh tế dưới quyền sở hữu và kiểm soát của nhà nước, cùng với việc hợp nhất đất đai vào các hợp tác xã lớn cũng là nguyên nhân dẫn tới tình trạng này.[78]

Trong thời gian quân đội Liên Xô rút đi, những khu vực khai thác khí tự nhiên tại Afghanistan bị cho ngừng hoạt động để tránh bị phá hoại. Việc khôi phục sản xuất khí gas đã bị cản trở bởi các cuộc tranh giành trong nội bộ và tình trạng hỗn loạn ở đối tác thương mại truyền thống sau sự giải tán Liên bang Xô viết.